まず税制改正の内容に触れる前に、特定医療法人制度について確認しておく。特定医療法人とは、租税特別措置法第６７条の２に定める国税庁長官の承認を受けた医療法人のことをいう。
　この特定医療法人は、公益性の高い医療法人として一定の要件を満たす必要があるが、法人税率が一律２２％に軽減されたり、出資持分に対する相続税が非課税になるなどの優遇措置がある。（通常の医療法人との比較については表を参照）。
　特定医療法人は公益性の高い医療法人である必要があるが、税制上、公益法人と同じ取り扱いになるわけではない。今回の税制改正要望は、この特定医療法人を税制上、公益法人に近づける内容となっている。

医療法人は税制上、株式会社などと同じ普通法人としての取り扱いを受けている。よって、法人のすべての活動から生じた収益と費用を基に利益を算出し法人税を納めることとなる。
　今回の税制改正要望は、公益法人の収益事業課税に近い考え方を取っており、特定医療法人が営む医療保健業のうち、公益性の高い医療保健業については法人税を非課税にしようとするものである。